正在巴黎召開的全球氣候大會，超過190個國家和地區將就新的條款展開談判以應對氣候變化的挑戰。為了實現到2100年地球升溫極限不超過2攝氏度的目標，清潔能源技術扮演了至關重要的角色。
近年來，馬云在減少碳排放以及環境保護等項目投入了巨大的精力。2012年馬云發起四川省老河溝保護地項目，聯合一些中國知名企業家在當地建立“四川西部自然保護基金會”，建立了中國第一個由社會公益資金建設和管理的老河溝保護區。截至目前，四川西部自然保護基金會已募集8000多萬元人民幣。
2013年馬云正式出任TNC(大自然保護協會)中國理事會理事長。同年5月，馬云宣布將和中國其他的幾位企業家一起，為中國全球保護基金籌集1500萬美金，投入發展中國家的綠色計劃。2015年4月10日，由馬云、馬化騰出任該機構董事會聯席主席的“桃花源生態保護基金會”宣布成立，45名知名企業家都參與到這一項目中，馬云說：“取名‘桃花源’，我們希望中國10年、20年之后能擁有更純凈的水和空氣”。
