1987年3月，經國務院批準，決定開展我國水下考古事業。由國家文物局牽頭，成立了有交通部、國家科委、國家海洋局、總參、海軍、外交部等單位參加的“國家水下考古協調小組”，委托原中國歷史博物館(現國家博物館)承擔了這項國家任務，為此設立了中國最早的水下考古專業機構——水下考古學研究中心。在國家文物局領導下，負責全國的水下考古的業務工作，組織實施水下考古調查發掘項目。
我國擁有300多萬平方公里的海洋國土和眾多的江河湖泊，水下埋藏的文物非常豐富。水下考古工作是我國文物工作中國家支持的重點項目。二十年來，根據國家文物局的工作安排，既開展了沿海水下文物調查等基礎性工作，又在祖國的四大海域—渤海、黃海、東海、南海及長江流域先后進行了一系列具有搶救保護性質的水下沉船遺址及其他水下文物遺跡的調查、發掘工作。具代表性的調查與發掘有：遼寧綏中三道崗元代沉船、山東膠南鴨島明代沉船、浙江漁山小白礁青島沉船、福建連江定海白礁一號沉船、平潭碗礁一號清代沉船、大練島一號元代沉船、東山冬古灣明末戰船、廣東臺山南海一號沉船、海南文昌寶陵港清初沉船、西沙群島華光礁一號南宋沉船等遺址，以及四川涪陵白鶴梁水下題刻調查、廣東新會銀洲湖海戰遺跡調查、香港竹篙灣水下文物調查、西沙群島水下考古調查、全國水下文物普查，并承擔了為期三年的中肯合作拉姆群島海域水下考古調查項目。
通過以上工作不僅有效的保護了水下文物不被進一步破壞，較詳細了解水下文物的分布和埋藏情況，而且為海上絲綢之路、海外交通史、海外貿易史、造船史古陶瓷史的研究提供了大量的實物資料，為我國水下文物的保護和工作長遠規劃的制定提供了科學的依據。目前我國的水下考古研究工作在亞洲地區處于領先地位并不斷縮小與國際先進水平的差距。我國的水下考古事業已由發展初期階段進入可持續發展階段。
在國家財政的大力支持下，經國家文物局批準，建立了中國國家博物館水下考古科研與培訓基地（陽江基地）、水下考古寧波基地、水下考古青島基地、水下考古舟山工作站，為我中心長期開展各相關海域調查、發掘工作提供了有力的支持。
